微生物菌剂在水产养殖中有着重要的作用，不仅可以降低养殖水质中有毒有害的物质，还可以分解大量的有机质，所以菌对于养殖有着重要的作用，常见的养殖用菌有芽孢杆菌、乳酸菌、复合菌、发酵菌等。其功能如下：

1、净化水质

有效菌可去除池水中90%以上的氨氮、亚硝基氮等，分解有毒有害物质，降低生物耗氧量和化学需氧量，有的菌剂还能改善有机物质过多所引起的不良水体，如蓝藻水、老绿水、油膜（泥皮）水、粘浊水、黑臭水等。

2、优化养殖环境

有效菌通过氨化及硝化作用，促进氨氮循环，降解亚硝酸盐、氨氮及硫化氢等有毒物质，降低舍内有害气体浓度，减少病原菌的排放，净化养殖环境，增加水体活力。

3、培藻肥水，调护水色

芽孢杆菌有效菌能降解为小分子有机酸、氨基酸及氨，改善水质，提高水体透明度，为藻类提供营养，促进有益藻类繁殖生长。

4、生物降解有毒物质

清塘结束或使用杀虫药后，相对的有效菌可有效降解水体和池泥中残留的有毒有害物质，分解动植物尸体，并能形成有益菌群，抑制病原菌的生长，减少潜在隐患，降低池塘发病率。

5、抑菌

有效菌对生产动物具有抑制致病菌和微囊藻等有害生地繁殖，产生的多种免疫因子能调节养殖水产动物机体免疫力，减少病害的发生。

6、增氧

水产菌有效菌能絮凝水体中的悬浮物，提高水体透明度，有利于浮游植物的光合作用，增加水体溶氧，利于水产动物的呼吸和有机污染物的分解，避免浮头，防止泛池。

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